厚生年金基金と、企業年金基金の一番の違いは、厚生年金の給付代行をするかしないかという点にあります。
　厚生年金基金では、国の老齢厚生年金の報酬比例部分の運用を基金が代行して行っていました。経済が右肩上がりだった時代には、代行による運用益を基金独自の年金として上乗せすることができました。しかし、昨今の経済状況では、金利の低迷により所定以上の運用益がでなくなったため、逆に代行をしていることで基金の運営が難しくなってきました。
　このため平成14年から確定給付企業年金法が施行され、国の年金を代行しない企業年金基金に移行できるようになりました。

　厚生年金基金では、厚生年金の報酬比例部分について、掛金の収納から資産の運用、年金給付まで代行を行っていたわけですが、これを国に返上することを「代行返上」といいます。
　代行返上によって年金の支給義務は厚生年金基金から国に移りますので、従来積み立てられてきた年金資産（過去の加入期間に応じた代行部分の給付を行うために必要な責任準備金）を国に返還することになります。
　このように代行部分の年金は国から支給されるようになりますが、支給額は代行返上前と変わりません。
　また、厚生年金基金の上乗せ部分（加算部分とプラスアルファ部分）の支給義務と積立金は、企業年金基金に継承されることになります。

　朝信厚生年金基金（旧基金）は、２００５年４月１日をもって代行返上を実施し、確定給付企業年金法による新しい企業年金基金を設立しました。
　代行部分の給付は、年金原資および加入記録等が国に引き継がれ国から支給されます。